Die Tagesordnungen der MPK ergeben sich aus den Themenanmeldungen der Länder und aus der Fortsetzung der Beratungen über die Themen vorangegangener Konferenzen. Inhaltliche Schwerpunkte der MPK-Beratungen der letzten Jahre waren die Europapolitik, die Föderalismusreform, die Bund-Länder-Finanzbeziehungen, die Medienpolitik und Fragen der Bildungspolitik.
Klassische Aufgabe der MPK ist auch der Abschluss von Staatsverträgen und Abkommen unter den Ländern oder mit dem Bund. Besonderer Schwerpunkt ist hierbei der Medienbereich mit den Rundfunkstaatsverträgen bzw. Rundfunkgebührenstaatsverträgen.